La loi sur l'eau du 3 janvier 1992 a pour objectifs la gestion équilibrée de chaque bassin et la préservation
de la ressource en eau et des milieux aquatiques.

Le projet routier concerne deux bassins versants :
- Bassin du Doubs : ce bassin comprend le sous-bassin du ruisseau des Mercureaux. Il n'est pas concerné
par un périmètre de protection d'un captage d'eau potable.
- Bassin de la Loue : la partie du projet située entre le tunnel de Fontain et le giratoire d'extrémité Est est
située dans une zone reliée à la Loue, via un contexte géologique karstique, dans un secteur non exploité
par des captages d'eau potable.

Un dossier de déclaration au titre de la loi sur l'eau a été déposé en 1995 (récépissé de dépôt du 11 avril
1996). Une procédure d'autorisation est en cours sur la totalité du projet pour prendre en compte les
points particuliers d'évolution du projet :
- Rectification du lit mineur du ruisseau des Mercureaux pour l'OA 6-2.
- Busage du ruisseau des Contours (OA 7).
- Rejet d'eaux pluviales dans les eaux superficielles (rejet des eaux de plate-forme dans le Doubs).
- Mise en place de remblais dans le lit majeur du Doubs au niveau de Beure.

Dans le domaine de l'eau, l'État s'engage, sous réserve des conclusions de la procédure d'autorisation au
titre de la loi sur l'eau en cours :
- Rejet dans le milieu naturel des eaux de plate-forme : collecter les eaux de plate-forme et les traiter avant
rejet dans le Doubs par un dispositif " débourbeur / déshuileur ".
- OA 6-2 Ruisseau des Mercureaux : rectifier le ruisseau au droit de l'OA 6-2 en reconstituant de berges
adaptées au développement de l'écosystème.
- OA7 Ruisseau Contours : rétablir le ruisseau sous la plate-forme routière en respectant au maximum sa
pente existante et en reconstituant le lit afin de limiter les impacts sur la faune aquifère.
- Drainage : l'ensemble des écoulements naturels superficiels ou souterrains interceptés par le projet seront
drainés sous la plate-forme routière et rejeté soit dans des fossés d'infiltration (montée du bois de Peu),
soit dans une doline (vallon), dans le ruisseau des Contours ou dans des tranchées drainantes enterrées
(vallon). Infiltrer les eaux de ruissellement et souterraines drainées sous la plate-forme dans le secteur
" Vallon des Mercureaux ".
- Remblais plaine Doubs :
          o Rétablir les niveaux d’eau actuels par la mise en place d’un ouvrage de décharge dans les remblais
              sous la RN 273 à la sortie du pont existant sur le Doubs
          o Rétablir l’inondabilité du casier situé à l’arrière des remblais par des ouvrages (buses et ouvrage cadre)
              situé sous les remblais.
- En phase travaux : des précautions seront également prises afin de limiter le risque de pollution
accidentelle des cours d'eau (Doubs, Mercureaux et Contours).