La loi sur l'eau du 3 janvier 1992 a pour objectifs la gestion équilibrée de chaque bassin et la réservation de la ressource en eau et des milieux aquatiques.

Le projet routier concerne deux bassins versants :
- Bassin du Doubs : ce bassin comprend le sous-bassin du ruisseau des Mercureaux. Il n'est pas concerné par un périmètre de protection d'un captage d'eau potable.
- Bassin de la Loue : la partie du projet située entre le tunnel de Fontain et le giratoire d'extrémité Est est située dans une zone reliée à la Loue, via un contexte géologique karstique, dans un secteur non exploité par des captages d'eau potable.

Un dossier de déclaration au titre de la loi sur l'eau a été déposé en 1995.
En 2006, la DRE a déposé une demande d'autorisation au titre de la Loi sur l'Eau. L'enquête publique a eu lieu du 1er Février au 3 Mars 2007 inclus. Cette dernière a abouti sur l'arrêté préfectoral n° 2007 1112 06992 du 11 Décembre 2007 autorisant, au titre du code de l'environnement, les travaux d’aménagement de la RN 57 pour le contournement Sud-Ouest de BESANCON dite « Voie des Mercureaux ».

Le projet comporte les éléments suivants :
 

Ouvrage de franchissement du ruisseau des Mercureaux

Le franchissement du ruisseau des Mercureaux s’effectuera par deux ouvrages hydrauliques distincts, de type viaduc

• • l’ouvrage OA 6.1 (viaduc à trois travées, de 67 m de portée) pour la voie montante, qui est déjà réalisé,
• • l’ouvrage OA 6.2 (viaduc à deux travées, de 62,5 m de portée) pour la voie descendante.

Pour la réalisation du nouveau viaduc (OA 6.2) le lit du ruisseau sera déplacé sur un linéaire de 56 mètres. Afin de prendre en compte la présence de salamandres dans le secteur, l'Etat a lancé une étude permettant de définir un protocole de déplacement de ces animaux avant d'effectuer le moindre travaux. ces chantiers d'ouvrages d'art s'accompagneront de la construction de mares afin de rétablir l'habitat des amphibiens.
Enfin, les berges du ruisseau des Mercureaux seront réaménagées et plantées d’une ripisylve*.
 

Busage provisoire du ruisseau des Mercureaux.

Pendant la durée les travaux relatifs à la mise en place du mur de soutènement (massif en sol renforcé), entre les profils routiers P150 et P 152, le busage provisoire du ruisseau des Mercureaux sera réalisé sur un linéaire de 30 m, situé entre la confluence avec le ruisseau des Contours et la future dérivation du ruisseau située en amont de l’ouvrage OA6.2.
 

Ouvrage de franchissement du ruisseau des Contours

L’ouvrage de franchissement du ruisseau des Contours (OA 7) a été réalisé sous forme d’un ouvrage cadre de 1,5 m de large et 2 m de haut sur une longueur de couverture de 70 mètres. L'intérieur de cet ouvrage a été travaillé de manière à reconstituer un lit naturel par la pose de galets dans les fondations.
 

Rétablissement du ruissellement naturel

Le rétablissement du ruissellement des basins versants naturels interceptés par la future voie routière sera assuré par 9 ouvrages hydrauliques qui traverseront la plate-forme routière. Ils seront dimensionnés pour évacuer une crue centennale.
 

Remblaiement de la vallée du Doubs

La Voie des Mercureaux passe en remblai dans le lit majeur rive gauche du Doubs sur la commune de Beure.
Le tronçon routier situé dans le champ d’inondation du Doubs sera réalisé en remblai, il s’étend du futur giratoire de raccordement à la RN 273, au profil routier P25, soit un linéaire d’environ 440 m.
Pour compenser l’impact de l’aménagement il sera réalisé :

• • Un ouvrage de décharge sous la RN 273 implanté entre le pont de Beure et le nouveau giratoire d’une section de 10 mètres de large et 2,50 mètres de hauteur.
  
• • La mise en place de deux buses de diamètre 1000 mm et un dalot de 4 mètres de large et 2,5 mètres de haut sous le remblai le long du Doubs afin d’assurer la transparence hydraulique permettant ainsi la communication , en période de crue, du secteur coté Doubs avec la zone située derrière le remblai.
   

Franchissement du plateau de la Vèze

Deux ouvrages hydrauliques de franchissement seront réalisés pour rétablir les ruissellements des bassins versants naturels en amont hydraulique du projet (dimensionnés pour une crue centennale).
 

Rejets routiers

Les eaux pluviales ruisselant sur la chaussée seront collectées par un réseau d’assainissement routier et rejetées dans le milieu naturel. Les rejets d’eaux pluviales feront l’objet d’un traitement et d’un écrêtement avant de rejoindre le milieu naturel, pour limiter leurs effets qualitatifs et quantitatifs.
 

Etude du ruisseau des Mercureaux à Beure

En mesure compensatoire globale pour le projet de la voie des Mercureaux, l'Etat finance une étude pour l’élaboration d’un schéma de restauration et d’aménagement du ruisseau des Mercureaux sur la totalité du bassin versant et notamment la partie aval en traversée de la commune de Beure.
Le cabinet Reile de Beure est en charge de l’étude.
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En phase travaux : des précautions seront également prises afin de limiter le risque de pollution accidentelle des cours d'eau (Doubs, Mercureaux et Contours). Pour cela, des prescriptions particulières sont imposées aux entreprises et les entreprises sont recrutées en partie sur leurs propositions pour respecter l'arrêté Loi sur l'eau. L'Etat a engagé un bureau d'études indépendant afin de contrôler la mise en œuvre des engagements des entreprises.